La bandera de Mejía tiene forma rectangular y está compuesta por dos franjas horizontales: una amarilla y una verde. La franja amarilla simboliza la nobleza, magnanimidad y riqueza del cantón Mejía y la luz, constancia y sabiduría de su gente. La franja verde representa esperanza, prosperidad y el verdor del cantón, agrícola y ganadero por excelencia.